UNIBUNIB

Jurnal EngganoJurnal Enggano

Karang lunak merupakan salah satu penyusun komunitas karang yang berguna bagi ekosistem terumbu karang. Keberadaannya di ekosistem terumbu karang sangat penting bagi proses rantai makanan di lautan. Sulitnya identifikasi morfologi karang ini disebabkan variasi sklerit yang beragam. Oleh karena itu penting adanya identifikasi molekuler sebagai penunjang data taksonomi karang ini. Akan tetapi, dalam proses identifikasi molekuler karang ini masih banyak hambatan yang terjadi dalam proses ekstraksi maupun PCR nya. Hal ini dimungkinkan karena adanya kalsium karbonat yang tersusun di seluruh tubuh karang ini. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan proses ekstraksi DNA dan PCR yang optimal dalam proses identifikasi secara molekuler. Proses ekstraksi dilakukan dengan menggunakan Kit Ekstraksi dan PCR dengan menggunakan KIT PCR. Hasil ekstraksi menunjukan bahwa Xenia sp memiliki konsentrasi DNA yang tertinggi dengan nilai 53.90 (ng/ul) dan terendah pada jenis Sarcophyton trocheliophorum sebesar 26.70 (ng/ul). Optimalisasi PCR menghasilkan hasil yang baik pada spesies Xenia sp., dan Lobophytum pauciflorum sedangkan pada sampel jenis Sarcophyton trocheliophorum pita DNA menunjukan hasil yang smear.

Hasil ekstraksi setelah di ujikan pada nanodrop spektrofotmeter jenis Xenia sp memiliki konsentrasi DNA yang tertinggi dengan nilai 53.90 (ng/ul) dan terendah pada jenis Sarcophyton trocheliophorum sebesar 26.Tingginya konsentrasi DNA pada karang lunak jenis Xenia sp dimungkinkan karena dari karakter tissue karang ini yang lebih lunak sehingga mudah di ekstraksi sedangkan rendahnya konsentrasi DNA ini dimungkinkan karena adanya kontaminasi pada hasil ekstraksi.Optimalisasi PCR menghasilkan hasil yang baik pada spesies Xenia sp., dan Lobophytum pauciflorum sedangkan pada sampel jenis Sarcophyton trocheliophorum pita DNA menunjukan hasil yang smear.

Penelitian lanjutan dapat fokus pada pengembangan metode ekstraksi DNA alternatif untuk spesies karang lunak seperti Sarcophyton trocheliophorum yang memiliki hasil ekstraksi rendah dan kontaminasi tinggi. Selain itu, perlu dilakukan studi lebih lanjut tentang optimasi suhu annealing PCR untuk spesies yang menunjukkan hasil smear, seperti Sarcophyton trocheliophorum, agar diperoleh amplifikasi DNA yang lebih jelas dan akurat. Terakhir, penelitian juga dapat mengkaji pengaruh kondisi penyimpanan sampel karang lunak (misalnya suhu dan waktu penyimpanan) terhadap kualitas DNA yang dihasilkan, karena hal ini mungkin memengaruhi hasil ekstraksi dan PCR. Dengan menggabungkan pendekatan ini, diharapkan dapat meningkatkan efisiensi identifikasi molekuler karang lunak secara keseluruhan.

Read online
File size603.04 KB
Pages8
DMCAReport

Related /

ads-block-test