Publisher

UIBUUIBU

Journal One moment, please...One moment, please... Abstract

Legundi (Vitex trifolia) merupakan salah satu tanaman etnofarmakologis penting. Namun, eksplorasi genetik tanaman ini di Indonesia masih terbatas. Selain itu, sekumpulan primer dapat menjadi langkah awal yang penting untuk mengeksplorasi genetika V. trifolia serta mengidentifikasi spesies Legundi secara molekuler. Penelitian ini bertujuan mengembangkan dua pasangan primer untuk gen maturase‑K (matK) dan ribulose bisphosphate carboxylase subunit besar (rbcL). Penelitian bersifat eksploratori dengan pendekatan kuantitatif; sampel berupa daun V. trifolia dikumpulkan secara purposif di Makassar, Indonesia. Data diperoleh melalui DNA barcoding dan dianalisis dengan bioinformatika. Hasil menunjukkan bahwa kedua pasangan primer yang dikembangkan, matK dan rbcL, berhasil mengamplifikasi gen target matK dan rbcL pada V. trifolia. Primer spesifik yang baru dikembangkan berhasil mengamplifikasi gen matK dan rbcL, dan analisis sekuens mengungkapkan nilai kemiripan tinggi pada basis data BLAST dan BOLD (99,2–100 %). Amplifikasi PCR pada marker matK menunjukkan konsentrasi DNA yang tinggi serta spesifisitas yang baik untuk identifikasi pada tingkat spesies. Penelitian ini mendukung eksplorasi genetik dan identifikasi tanaman etnofarmakologis yang berguna, yaitu V. trifolia.

Conclusion

Pemilihan primer spesifik, khususnya primer matK, terbukti menjadi faktor keberhasilan utama dalam proses DNA barcoding pada tahap PCR, dengan memenuhi kriteria kualitas primer yang optimal.Primer matK yang dikembangkan menunjukkan keandalan dan spesifisitas lebih tinggi dibandingkan primer rbcL, menghasilkan amplifikasi yang berhasil serta tingkat kemiripan sekuens 99,92–100 % dengan basis data referensi.Oleh karena itu, primer matK dapat berfungsi sebagai alat molekuler yang handal untuk identifikasi akurat dan eksplorasi genetik Vitex trifolia, mendukung penelitian lanjutan dalam bidang etnofarmakologi, penilaian keanekaragaman hayati, serta konservasi tanaman obat.

Future Research

Penelitian selanjutnya sebaiknya menguji keefektifan primer matK dan rbcL yang dikembangkan pada populasi Vitex trifolia yang berasal dari berbagai wilayah geografis di Indonesia untuk menilai variasi genetik regional. Selain itu, dikembangkan primer spesifik untuk wilayah barcode tambahan seperti gen internal transcribed spacer (ITS) dapat meningkatkan resolusi identifikasi spesies dan mengatasi keterbatasan yang ditemukan pada primer rbcL dengan kandungan GC rendah. Pemanfaatan teknologi sequensing generasi berikutnya (NGS) pada sampel DNA yang dihasilkan dari primer primer tersebut akan memungkinkan analisis keragaman genetik secara menyeluruh serta deteksi potensi adulterasi pada produk herbal. Studi juga dapat memperluas aplikasi primer matK pada spesies Vitex lain untuk menguji universalitas dan membangun basis data barcode yang lebih komprehensif. Integrasi data barcoding dengan kajian metabolomik dapat menjelaskan hubungan antara variasi genetik dan kandungan senyawa bioaktif pada V. trifolia. Evaluasi efisiensi biaya dan waktu prosedur primer‑PCR dibandingkan metode konvensional akan membantu mengoptimalkan protokol bagi laboratorium penelitian dan industri farmasi. Dengan fokus pada aspek tersebut, penelitian lanjutan dapat memperkuat fondasi ilmiah untuk konservasi, pemanfaatan, dan regulasi tanaman etnofarmakologis di Indonesia.

References

1. New universal matK primers for DNA barcoding angiosperms - YU - 2011 - Journal of Systematics and Evolution... onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1759-6831.2011.00134.xNew universal matK primers for DNA barcoding angiosperms YU 2011 Journal of Systematics and Evolution onlinelibrary wiley doi 10 1111 j 1759 6831 2011 00134 x

Metadata

File size	689.31 KB
Pages	14
DMCA	Report