PBBMIPBBMI

ACTABIOINAACTABIOINA

Dengue fever, disebabkan oleh virus dengue, adalah hiper-endemik di Indonesia. Karena tidak ada vaksin atau pengobatan spesifik yang tersedia, diagnosis yang akurat sangat penting untuk menerapkan langkah-langkah pencegahan secara dini untuk membatasi transmisi dengue dan mengurangi kerugian ekonomi. Berbagai teknik diagnostik telah dikembangkan, termasuk reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) untuk mendeteksi asam nukleat virus.

Studi ini berhasil mengembangkan primer degenerate (DenVNS3F.5-CTGTCCAGTGAGCRYGG TCTT-3) yang menargetkan region NS3 yang konservatif dari virus dengue, menunjukkan kemampuan untuk mendeteksi virus di seluruh empat serotipe.Kesepakatan yang moderat (k = 0,60) dengan primer komersial menunjukkan potensi yang menjanjikan, meskipun masih diperlukan optimasi lebih lanjut untuk implementasi klinis.

Untuk meningkatkan performa primer yang dirancang, modifikasi urutan primer berdasarkan perataan urutan yang lebih komprehensif dapat dipertimbangkan, mungkin dengan memasukkan isolat terbaru atau strain yang beragam secara geografis. Selain itu, penyempurnaan lebih lanjut dari posisi degenerate mungkin dapat menyeimbangkan inklusivitas dan spesifisitas dengan lebih efektif. Optimasi kondisi PCR juga menawarkan peluang signifikan untuk peningkatan. Evaluasi sistematis suhu annealing dapat meningkatkan spesifisitas dan mengurangi amplifikasi non-spesifik. Suhu annealing yang tidak optimal dapat menyebabkan primer mengamplifikasi sekuens selain gen target, menghasilkan pita non-spesifik. Demikian pula, optimasi jumlah siklus, konsentrasi primer, dan konsentrasi MgCl₂ dapat meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas. Strategi untuk mengurangi pembentukan struktur sekunder juga dapat meningkatkan efisiensi amplifikasi. Struktur sekunder primer yang dianalisis dalam studi ini termasuk hairpin, self-dimer, dan cross-dimer. Nilai ΔG dan Tm mempengaruhi struktur hairpin. Nilai Tm hairpin yang rendah jauh di bawah suhu annealing dapat mencegah pembentukan struktur hairpin. Struktur hairpin dapat diuraikan jika memiliki nilai ΔG lebih besar dari -3 kkal/mol. Untuk struktur self-dimer dan cross-dimer, nilai ΔG yang diperlukan untuk pemecahan adalah lebih besar dari -6 kkal/mol. Meskipun struktur hairpin kami memiliki nilai ΔG yang dapat diterima, nilai ΔG untuk struktur self-dimer dan cross-dimer agak di bawah ambang ideal, mungkin mempengaruhi kinerja primer.

  1. Deteksi Brucella abortus dari Sampel Darah-Utuh dengan Uji Polymerase Chain Reaction Tanpa Ekstraksi... journal.ugm.ac.id/jsv/article/view/53506Deteksi Brucella abortus dari Sampel Darah Utuh dengan Uji Polymerase Chain Reaction Tanpa Ekstraksi journal ugm ac jsv article view 53506
  2. Optimization of annealing temperature for amplification of the exon one region of the HPPD gene in HA1... doi.org/10.1088/1755-1315/1160/1/012002Optimization of annealing temperature for amplification of the exon one region of the HPPD gene in HA1 doi 10 1088 1755 1315 1160 1 012002
  3. Global Consensus Sequence Development and Analysis of Dengue NS3 Conserved Domains - Ambreen Ayub, Usman... journals.sagepub.com/doi/full/10.1089/biores.2013.0022Global Consensus Sequence Development and Analysis of Dengue NS3 Conserved Domains Ambreen Ayub Usman journals sagepub doi full 10 1089 biores 2013 0022
  4. Degenerated Primers for The KCS Enzyme Gene Encoding Erucic Acid Content in Winged Bean Seeds - IOPscience.... doi.org/10.1088/1755-1315/550/1/012032Degenerated Primers for The KCS Enzyme Gene Encoding Erucic Acid Content in Winged Bean Seeds IOPscience doi 10 1088 1755 1315 550 1 012032
  5. Diagnostik Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) dengan Pemeriksaan Laboratorium Mikrobiologi Klinik |... doi.org/10.35790/ebm.v9i1.31899Diagnostik Coronavirus Disease 2019 COVID 19 dengan Pemeriksaan Laboratorium Mikrobiologi Klinik doi 10 35790 ebm v9i1 31899
Read online
File size698.67 KB
Pages10
DMCAReport

Related /

ads-block-test